Na podstawie porozumienia w sprawie systemu realizacji Programu Polska Wschodnia funkcję Instytucji Pośredniczących pełnić będą Polska Agencja Rozwoju Przedsiębiorczości oraz Centrum Unijnych Projektów Transportowych.
Polska Agencja Rozwoju Przedsiębiorczości odpowiedzialna będzie za priorytety Przedsiębiorcza Polska Wschodnia i Nowoczesna Infrastruktura Transportowa, zaś Centrum Unijnych Projektów Transportowych za priorytet Ponadregionalna Infrastruktura Kolejowa.
Program Polska Wschodnia to dodatkowy instrument wsparcia pięciu województw: lubelskiego, podkarpackiego, podlaskiego, świętokrzyskiego i warmińsko-mazurskiego. Środki programu – 2 mld euro – przeznaczone będą m.in. na powstawanie i rozwój startupów, tworzenie innowacyjnych produktów i usług, ekspansję zagraniczną firm i wzornictwo przemysłowe.
